Des chercheurs de l’Université de Strasbourg et de l’Université Nice Sophia Antipolis sont parvenus notamment à retracer l’histoire évolutive de la levure modèle Saccharomyces cerevisiae grâce au séquençage de 1 011 génomes de levure. La découverte a fait l’objet d’une publication dans la revue Nature le 11 avril dernier.
17/04/2018
Saccharomyces cerevisiae. Crédit CC
L’étude conduite par les équipes de Joseph Schacherer (Université de Strasbourg / CNRS), Gianni Liti (Université Nice Sophia Antipolis, CNRS, INSERM, IRCAN) et le Genoscope (CEA, CNRS, Université d’Evry ) dans le cadre d’un projet sélectionné par le programme France génomique, a pour objectif de générer une carte génétique très détaillée chez la levure modèle Saccharomyces cerevisiae.
Pour ce faire, les chercheurs ont procédé au séquençage complet de 1 011 génomes de levures collectées sur l’ensemble du globe. L’étude a permis d’avoir une vue globale du paysage phénotypique, autrement dit des caractéristiques observables de l’espèce. Elle amène de nouvelles preuves quant à l’origine de cette levure et suggère une dispersion commune et unique à partir de la Chine. Des événements de domestication ont également pu être identifiés, notamment dans le cadre des processus de fermentation du vin, de la bière et du saké.
Ces événements ont eu un impact différent sur l’évolution des génomes. L’étude a également conduit à une vue d’ensemble de l’importance respective des différents types de variations génomiques qui façonnent l’évolution des génomes et par conséquent le paysage phénotypique d’une espèce. Par exemple, il a été possible de définir le génome de base, aussi appelé ‘core-genome’, (4 940 gènes présents dans tous les isolats). Enfin, cette étude permet d’avoir un nouvel éclairage sur la relation génotype-phénotype dans une population naturelle grâce à des études d’association. Les mutations rares et leur impact sur la variation phénotypique ont également été étudiés.
M.R.
Pour aller plus loin, lire aussi :
- L'article complet sur le site Nature, "Genome evolution across 1,011 Saccharomyces cerevisiae isolates"
- Notre article sur les recherches de Joseph Schacherer : "Pourquoi et comment sommes-nous tous si différents ?"
Un prix de thèse de l'Université de Strasbourg
Good to know
Jackson Peter a récemment reçu le prix de thèse 2018 de l’Université de Strasbourg pour sa recherche portant sur la « Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d’association chez Saccharomyces cerevisiae » au sein du laboratoire Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM), sous la direction de Joseph Schacherer. Un prix destiné à valoriser et à faire connaître les auteurs des travaux les plus remarquables soutenus au cours de l'année 2017. Le doctorant qui a participé à la rédaction de l’article paru dans Nature obtient ainsi une enveloppe de 1 500 €. « C’est une valorisation de mon travail mais aussi de l’équipe d’encadrement », glisse le jeune homme qui s’est penché sur la relation entre génotype (soit l’ensemble de l’information génétique) et phénotype. « Un phénotype est le résultat d’effets génétiques, environnementaux et de l’interaction entre les deux. Il s’agissait de voir comment la diversité génétique est générée et maintenue au sein d’une espèce ainsi que son impact sur le développement des levures dans différents milieux. » La compréhension de ces phénomènes chez un modèle simple et proche de l’Homme comme la levure peut poser les bases d’études sur l’être humain. Le tout, en vue notamment de comprendre l’interaction des mutations responsables de maladies génétiques.
