Zoom sur la plateforme de séquençage GenomEast

18/10/2021

Stéphanie Le Gras travaille pour la plateforme de séquençage GenomEast installée dans les locaux de l’Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC). La bioinformaticienne participe régulièrement à des publications scientifiques à l’image de celle du chercheur lyonnais Thierry Walzer parue dans Nature communications.

« Mon rôle est d’accompagner les équipes de recherche. Il faut transformer toutes leurs questions en manipulations de séquençage. Les échantillons d’ADN ou d’ARN que nous recevons sont ainsi préparés et placés sur une petite lame de verre avant d’être mis dans le séquenceur. « Nous séquençons des centaines de millions de petits fragments d’ADN à la fois », détaille Stéphanie Le Gras qui « aide ensuite à donner du sens aux données. »

Analyse de l’expression des gènes, détection de variations dans le génome… Il s’agit pour GénomEast essentiellement d’expériences sur le génome humain ou les organismes eucaryotes, « nous travaillons moins sur les bactéries et les plantes. Dans le cas de Thierry Walzer, chercheur au Centre international de recherche en infectiologie, nous avons voulu décrire comment agissent deux protéines, T-BET et EOMES, qui en se liant à l’ADN, régulent l’expression des gènes lors de la maturation de cellules du système immunitaire, les cellules naturelles tueuses. Nous avons montré que les deux protéines, même si elles ont des sites de liaisons à l’ADN en commun, ont un effet sur des gènes différents et interviennent à des moments différents du développement. »

L’ADN poubelle

La plateforme est labellisée IBISA* et membre de l’infrastructure France génomique, un réseau national de biologistes et de bioinformaticiens. Sa quinzaine de personnels dont six bioinformaticiens, travaillent aussi bien avec des chercheurs locaux que nationaux et internationaux. « Mon dada, c’est d’aller voir les éléments répétés. Durant mes études, j’ai appris qu’une partie du génome était appelé de l’ « ADN poubelle », il s’agit d’éléments retrouvés en plein de copies dans le génome et qui ne serviraient à rien… Finalement, plus on avance dans les recherches plus on se rend compte que la nature ne garde pas ce qui est inutile… »

Dans ce domaine, les technologies évoluent très vite et la plateforme cherche à se doter d’un nouveau séquenceur à plus haut débit. « Ma chance c’est que je peux suivre plein de projets différents, entre 30 et 40 par an. Même s’il peut y avoir un côté frustrant car je ne les vois pas tous jusqu’au bout. Dans ce domaine il n’y a pas de limites, la seule étant notre imagination. »

Marion Riegert

*IBISA soutient les investissements d'un large ensemble de plateformes et de ressources en biologie, santé et agronomie, ouvertes à la communauté scientifique.

Établissement associé de l'Université de Strasbourg
Fondation Université de Strasbourg
Investissements d'Avenir
Ligue européenne des universités de recherche (LERU)
EUCOR, Le Campus européen
CNRS
Inserm Grand Est
HRS4R