Covid-EU : à l’affut du virus dans les eaux usées

11/09/2020

[Série] Regards croisés de chercheurs sur la Covid-19 : virologie. Dans le cadre du projet Covid-EU financé par l’appel à projets Résilience, un consortium pluridisciplinaire de chercheurs strasbourgeois scrute depuis début septembre la présence du SARS-CoV-2 dans les eaux usées de 11 stations d’épuration alsaciennes. Objectif : mettre en œuvre un outil prédictif de surveillance de la dynamique de l’infection pour aider à la décision en matière de politique sanitaire régionale.

Quoi ?

La quantification du SARS-CoV-2 dans les eaux usées est un outil émergeant d’évaluation de la dynamique d’infection d’une population. « Le virus peut être détecté dans les eaux usées avant l’apparition des cas d’infection graves dans les hôpitaux », détaille Olivier Rohr, directeur du laboratoire Dynamique des interactions hôte pathogène (DHPI) qui décide de « s’engouffrer dans cette voie » en s’intéressant plus particulièrement aux eaux usées du Bas-Rhin et d’une partie du Haut-Rhin. Le projet débute pendant le confinement et entre en phase de routine début septembre. 11 stations d’épuration alsaciennes couvrant de 3 000 à 100 000 équivalent habitants soit un total de 400 000 équivalent habitants sont scrutées. Covid-EU s’intègre plus largement dans le réseau national de surveillance épidémiologique des eaux usées Obépine avec une volonté de créer un réseau pérenne de surveillance de la survenue d’une épidémie qui pourrait être utilisé pour d’autres virus.

Qui ?

Pour ce faire, un consortium pluridisciplinaire est mis en place. Le Syndicat des eaux et de l’assainissement Alsace Moselle (SDEA) fournit les prélèvements des eaux usées une fois par semaine. Deux équipes de virologistes du laboratoire DHPI et de l’unité Inserm Immuno rhumatologie moléculaire (IRM) se chargent de la quantification du virus et de l’évaluation de son potentiel infectieux. Un protocole de concentration du virus a été proposé par l’équipe Reconnaissance et procédés de séparation moléculaire (RePSeM) de l’Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC). « Nous utilisons un procédé membranaire pour purifier les molécules. Cette technique permet de concentrer un échantillon d’eau de plusieurs litres », détaille Maud Villain-Gambier, chercheuse à l’IPHC qui souligne que les données de pollution de l’eau établies par la SDEA sont également prises en compte. « La composition de l’eau peut modifier la détection du virus. » Enfin, une équipe de cliniciens biostatisticiens du Centre hospitalier universitaire de Strasbourg s’intéressera à la corrélation des résultats des quantifications dans les eaux usées avec le nombre et la localisation géographique des patients déclarés.

Pourquoi ?

L’étude permet de répondre à différents objectifs comme mettre en place la surveillance hebdomadaire de l’épidémie à travers une vision de la contamination des eaux usées. « Nous espérons ainsi avoir un aspect prédictif de la contamination d’une population. » Autre objectif : « Evaluer la quantité de virus et son pouvoir infectieux dans les boues résiduaires urbaines pour permettre une meilleure gestion de ce type de déchet dont l’épandage est actuellement interdit. Enfin, Olivier Rohr précise que l’aspect économique est également important. « C’est une alternative à des tests massifs et systématiques permettant une évaluation plus globale de l’épidémie. »

Marion Riegert

L’appel à projets Résilience

Lancé en mai par la Région Grand Est et l’Agence nationale de la recherche, l’appel à projets Résilience a pour objectif d’évaluer l’impact territorial dans la région Grand Est de la pandémie Covid-19 sur l’économie, la société et l’environnement pour accompagner les décideurs dans l’évolution des systèmes de développement. Un peu moins de 2 millions d’euros sont répartis entre les 15 projets retenus, dont trois proposés par l’Université de Strasbourg, qui se déploient sur des périodes allant de 12 à 18 mois.

Regards croisés de chercheurs sur la Covid-19

Psychologie, éthique, économie, histoire, virologie… nous sommes partis à la rencontre de chercheurs de différents domaines de l’Université de Strasbourg pour apporter un éclairage sur la crise du coronavirus.

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